If they’re based on a character style, make sure not to apply the character style to the brackets in the text. That way the brackets won’t appear in the running header.
אם מדובר בכותרות בסגנון תו (כפי שבעצם ציינת בהודעה הראשונה!) פשוט אל תחילי את סגנון התו המדובר לסוגריים המרובעות בטקסט, ואז הם לא יופיעו בכותרות!